オオサイチョウを対象とした環境DNAアッセイのためのミトコンドリア遺伝子マーカーの特定

Unofficial AI-generated summary based on the public title and abstract. Not an official translation.

🔬研究者:Methodological insight for designing targeted eDNA assays when reference sequence data are scarce.

🏢実務担当者:Useful for conservation NGOs or biodiversity consulting firms planning molecular monitoring programs in tropical forests.

🏛政策担当者:Supports evidence-based conservation planning in biodiversity hotspots, though not yet applicable at scale.

伝統的な視覚・音響調査によるサイチョウ類のモニタリングの有効性は、その隠遁的な行動と密林における生息地選好性によってしばしば妨げられる。サイチョウ類の検出における課題は個体群データの不足につながり、サイチョウ類の保全活動にとって重大な課題となっている。環境DNA（eDNA）は、周囲の環境に放出された微量の遺伝物質から種を非侵襲的に検出することを可能にする補完的アプローチを提供する。リアルタイムPCR（qPCR）を用いた標的eDNAアッセイは、複雑な環境試料中の低量の標的DNAの検出と定量を可能にする。プライマーの設計は、環境試料中に存在する複雑なDNA配列から増幅される標的DNAの領域を定義する。遺伝子マーカーの選択は、標的種内で十分に保存されているが標的種と非標的種の間で十分に変異している領域を特定することによりアッセイの特異性を確保するために重要であり、プライマー設計に使用される。本研究は、Anthracoceros albirostrisを概念実証研究として用い、標的eDNAアッセイ開発のためのミトコンドリア遺伝子マーカーを特定する。我々は、GenBankヌクレオチドデータベースから標的種および非標的の近縁種のミトコンドリアDNA（mtDNA）配列を収集した。サイチョウ類の配列データの不足のため、我々は4個体のサイチョウ類の羽毛試料を用いて、チトクロムcオキシダーゼサブユニット1（COI）、NADHデヒドロゲナーゼサブユニット2（ND2）、およびDループ（d-loop）遺伝子を標的とするmtDNA配列を生成するためにサンガーシーケンシングを実施した。配列アラインメントの解析により、3つのmtDNA遺伝子間で高い配列類似性（>90%）が明らかになった。高い類似性にもかかわらず、ND2遺伝子内の特定の領域は十分なレベルの配列変異を示した。本研究は、プライマー設計のための遺伝子マーカーとしてND2を利用した、標的サイチョウ類eDNAアッセイの予備的開発を提示する。これは、ボルネオの象徴的なサイチョウ類を保護するための分子ツールのより広範な応用に向けた基礎的段階として機能する。

AI 翻訳（deepseek-v4-flash）。 正確を期す場合は下の原文を参照してください。

The effectiveness of traditional hornbill monitoring through visual and acoustic surveys is often hampered by their cryptic behavior and habitat preference in dense rainforests. The challenges in hornbill detection have led to insufficient population data, posing a significant challenge to hornbill conservation efforts. Environmental DNA (eDNA) offers a complementary approach that enables non-invasive detection of species from trace genetic material shed into the surrounding environments. Targeted eDNA assay using real-time PCR (qPCR) allows the detection and quantification of low amount of target DNA in complex environmental samples. The design of primers defines the region of target DNA to be amplified from the complex DNA sequences present in environmental samples. Gene marker selection is critical to ensure assay specificity by identifying regions that are conserved enough within target species but variable enough between target and non-target species, used for design of primers. This study identifies the mitochondrial gene markers for the development of a targeted eDNA assay, using Anthracoceros albirostris as a proof-of-concept study. We compiled mitochondrial DNA (mtDNA) sequences of target and non-target, closely related species from the GenBank nucleotide database. Due to the lack of hornbills’ sequence data, we performed Sanger sequencing to generate mtDNA sequences targeting cytochrome c oxidase subunit 1 (COI), NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2), and displacement loop (d-loop) genes using feather samples from four hornbill individuals. Analysis of sequence alignment revealed a high level of sequence similarity (>90%) among the three mtDNA genes. Despite the high similarity, specific regions within ND2 genes exhibited a sufficient level of sequence variation. This study presents the preliminary development of targeted hornbill eDNA assay, utilizing ND2 as gene marker for primer design. It serves as a foundational step towards the broader application of molecular tools to protect the iconic hornbills in Borneo.

• openalex https://doi.org/10.51200/bjms.v20isuppl.7981first seen 2026-08-02 05:12:42